内分泌疾病：孕妇发生胚胎停育，主要是由于内分泌失调所致，因为胚胎早期发育时，激素含量非常关键，尤其是孕激素和人绒毛膜促性腺激素等。如果孕妇自身，内源性激素分泌不足，无法满足胚胎生长发育需要，就会直接导致胚胎停育。而造成这一现象，最常见的疾病，是黄体功能不良，同时也可能是有甲亢、糖尿病以及高泌乳素血症。
2、子宫异常：一旦子宫发生异常，就必然会导致胎停育。子宫异常类疾病，主要包括单角子宫和中隔子宫等先天性子宫异常，也可能是宫腔粘连、子宫肌瘤或者子宫内膜异位症等。此时会导致子宫内血供减少，会影响到胎儿生长，进而导致停育。
3、染色体异常：胎儿存在有染色体异常的情况时，也容易发生胎停育，比如有21-三体、16-三体等先天性染色体异常疾病，或者是其它染色体存在有缺失、倒置以及平衡易位等异常现象。除此之外，夫妻双方一旦有一方染色体异常，就也会让胎儿发育停滞。
除以上相对常见原因外，还可能是其他因素导致的，如精子异常。
