试管婴儿生下来的孩子与自然妊娠的孩子的健康几率通常一致，并没有研究与统计资料表明试管婴儿的个体与自然分娩的个体存在疾病、发育以及智力上的明显差异。即使是试管婴儿分娩产生的个体，同样没有异常升高的疾病发生的情况。
同时由于试管婴儿技术还可以进行遗传学诊断、筛查，能够避免遗传病胎儿，并且通过完善术前检查，孕检与产检等相关检查，能将异常胎儿情况发生降至最低。除此之外，试管婴儿技术作为辅助生殖治疗的主要办法，已经在临床上应用较长时间，对于药物的使用以及药物的制备技术都已经非常成熟，药物引起的副作用可能明显降低，产前诊断技术也不断进步，进一步保证了试管婴儿生下来孩子的健康。因此对于大部分夫妻，试管婴儿分娩的是健康的孩子，其异常的概率与自然分娩没有明显差异，对于已经或者计划试管婴儿辅助治疗的患者，可以不用过于担心。
